വിവാദങ്ങൾക്കൊടുവിൽ എമ്പുരാനിലെ 24 ഭാഗങ്ങൾ ഒഴിവാക്കി. സ്ത്രീകൾക്ക് എതിരായ അതിക്രമ രംഗങ്ങൾ സിനിമയിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കി. ചിത്രത്തിലെ വില്ലൻ്റെ പേര് ബജ്‌റംഗി എന്നത് ബൽദേവ് എന്നാക്കി മാറ്റുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. കൂടാതെ മതചിഹ്നങ്ങളുടെ പശ്ചാത്തലത്തിൽ വാഹനം കടന്നുപോകുന്ന സീനും, പൃഥ്വിരാജിന്റെ കഥാപാത്രവും അച്ഛൻ കഥാപാത്രവുമായുള്ള സംഭാഷണവും സിനിമയിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കി. എൻഐഎ യെ കുറിച്ച് പറയുന്ന ഭാഗം മ്യൂട്ട് ചെയ്യുകയും, നന്ദി കാർഡിൽ നിന്ന് സുരേഷ് ഗോപിയുടെ പേര് മാറ്റുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.
സിനിമകളിൽ ദേശവിരുദ്ധ ആശയങ്ങൾ ആവർത്തിക്കുന്നു എന്ന് ആരോപിച്ച് വലിയ തോതിലുള്ള സൈബർ ആക്രമണമാണ് സിനിമയുടെ അണിയറ പ്രവർത്തകർ സംഘപരിവാർ ഗ്രൂപ്പുകളില്‍ നിന്ന് നേരിടുന്നത്. ആർഎസ്എസ് മുഖവാരിക ഓര്‍ഗനൈസറും ചിത്രത്തെയും അണിയറ പ്രവർത്തകരെയും രൂക്ഷമായി വിമർശിച്ച് കൊണ്ട് ലേഖനങ്ങൾ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചിരുന്നു.
സംഘപരിവാർ സൈബർ ആക്രമണങ്ങള്‍ക്ക് പിന്നാലെ പ്രധാന കഥാപാത്രമായ മോഹൻലാൽ തന്നെ ഖേദപ്രകടനവുമായി രംഗത്തെത്തിയിരുന്നു. പ്രിയപ്പെട്ടവർക്ക് ഉണ്ടായ വിഷമത്തിൽ തനിക്കും എമ്പുരാൻ ടീമിനും ആത്മാർഥമായ ഖേദമുണ്ടെന്നാണ് മോഹൻലാലിൻ്റെ പ്രതികരണം. സംവിധായകന്‍ പൃഥ്വിരാജ് ഈ പോസ്റ്റ് ഷെയറും ചെയ്തു. എന്നാൽ ചിത്രത്തിൻ്റെ തിരക്കഥാകൃത്തും നടനുമായ മുരളി ഗോപി വിഷയത്തിൽ യതൊരു പ്രതികരണവും നടത്തിയിട്ടില്ല.