ഇ.കെ. നായനാർ മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്നപ്പോൾ മന്ത്രിയായിരുന്ന പി.ജെ. ജോസഫും താനും കൂടി മന്ത്രിസഭ അറിയാതെ 33 സ്വകാര്യ എൻജിനിയറിംഗ് കോളജുകൾക്ക് അനുമതി നൽകിയിരുന്നതായി മുന്‍ ഐഎഎസ് ഉദ്യോഗസ്ഥനും ബിജെപി നേതാവുമായ അൽഫോൻസ് കണ്ണന്താനം. തു‍ട‍ർന്ന് തന്നെ സസ്പെൻഡ് ചെയ്യാൻ മുഖ്യമന്ത്രി നി‍ർദേശിച്ചു. സസ്പെൻഡ് ചെയ്താൽ രാജിവയ്ക്കുമെന്ന് ഭീഷണി മുഴക്കി പി.ജെ. ജോസഫ് തന്നെ രക്ഷിച്ചുവെന്നും അൽഫോൻസ് കണ്ണന്താനം പറഞ്ഞു.
2000 സെപ്റ്റംബറിൽ ഉന്നതവിദ്യാഭ്യാസ സെക്രട്ടറിയായിരിക്കെയാണ് പി.ജെ. ജോസഫും താനും കൂടി മന്ത്രിസഭ അറിയാതെ 33 സ്വകാര്യ എൻജിനിയറിംഗ് കോളേജുകൾക്ക് അനുമതി നൽകിയതെന്ന് അൽഫോൻസ് കണ്ണന്താനം ന്യൂസ് മലയാളത്തോട് പ്രതികരിച്ചു. കേരളത്തിൽ അന്ന് ആകെ 300 സീറ്റുകൾ മാത്രമാണ് എംബിബിഎസിന് ഉണ്ടായിരുന്നത്. 3,000 സീറ്റ് മെഡിസിനും ഏകദേശം 700 സീറ്റ് നഴ്സിങ്ങിനുമാണ് ഉണ്ടായിരുന്നത്. ഏകദേശം രണ്ട് ലക്ഷം കുട്ടികൾ മറ്റ് സംസ്ഥാനങ്ങളിൽ പോയാണ് പഠിച്ചിരുന്നത്. അതിനാലാണ് ഇത്തരത്തിൽ മന്ത്രിയും താനും ചേർന്ന് 33 സ്വകാര്യ എൻജിനിയറിംഗ് കോളജുകൾക്ക് അനുമതി നൽകിയതെന്നും കണ്ണന്താനം പറഞ്ഞു.
വിവരം മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന നായനാർ അറിഞ്ഞപ്പോൾ തന്നെ സസ്പെൻഡ് ചെയ്യണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടു. എന്നാൽ പി.ജെ. ജോസഫ് ഇത് ജനങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള കാര്യമാണ്, അൽഫോൻസിനെ തൊട്ടാൽ താനും രാജിവെക്കുമെന്ന് പറഞ്ഞുവെന്നും അൽഫോൻസ് കണ്ണന്താനം പറഞ്ഞു. അങ്ങനെ രാജി ഒഴിവാക്കിയെങ്കിലും, താൻ കൊടുത്ത കോളേജുകൾക്കുള്ള എൻഒസി റദ്ദാക്കിയെന്നും കണ്ണന്താനം കൂട്ടിച്ചേർത്തു.